Kontrowersje w pozycjonowaniu stron wynikają ze sposobów zdobywania linków prowadzących do stron - IBL oraz z nieetycznych technik stosowanych w pozycjonowaniu. Działania niezgodne z zaleceniami dla webmasterów przyjęło się nazywać spamem w wyszukiwarkach. Spam w wyszukiwarkach jest traktowany podobnie jak spam pocztowy, czyli elektroniczne wiadomości masowo rozsyłane do osób, które ich nie oczekują.
W wyszukiwarkach stworzono specjalne strony na których można zgłaszać strony, które stosują nieetyczne metody pozycjonowania np. Google - report a spam result.